• bóle głowy;
• dysfunkcje wegetatywne, zawroty głowy;
• bóle szyi, bóle pleców (osteochondroza, „rwa kulszowa”, „lumbago”, ograniczenie ruchomości, blokady segmentów ruchowych kręgosłupa);
• drętwienie kończyn;
• bóle w klatce piersiowej niekardiogennego pochodzenia, bóle międzyżebrowe;
• bóle stawów, sztywność;
• funkcjonalne zaburzenia układu nerwowego;
• skutki urazów i operacji;
• blizny, choroba zrostowa;
• urazy typu „smagnięcie biczem”, skutki wypadków komunikacyjnych;
• wysokie obciążenia sportowe;
• naciągnięcia tkanek miękkich, bóle mięśniowe, skurcze mięśni;
• niektóre przewlekłe choroby laryngologiczne: zapalenie oskrzeli, częste przeziębienia, zapalenie zatok, nieżyt nosa, zapalenie zatok przynosowych;
• problemy narządów wzroku: zapalenie spojówek, zaburzenia wydzielania gruczołów łzowych, możliwość zmniejszenia stopnia krótkowzroczności i nasilenia zeza;
• problemy narządów słuchu (funkcjonalne);
• stomatologiczne problemy mechaniczne, aparaty ortodontyczne, systemy zamków;
• choroby narządów wewnętrznych (poza stanami krytycznymi i ostrymi);
• niepłodność spowodowana przyczynami nieorganicznymi;
• niektóre choroby ginekologiczne, bóle menstruacyjne, okres menopauzy;
• funkcjonalna urologia;
• skutki stresu;
• depresja, chroniczne zmęczenie;
• problemy związane z wiekiem;
• choroby zawodowe (zapobieganie i korekcja).

Przeciwwskazania do osteopatii są dość względne i zależą od odpowiedniego zastosowania różnych technik przy konkretnej patologii, w razie potrzeby w połączeniu z podejściem alopatycznym zgodnie ze standardami leczenia.
Zastosowanie osteopatii jest ograniczone nie przez formę choroby, ale przez warunki wpływu osteopatycznego lub konieczność pilnego przeprowadzenia nagłych działań leczniczych (reanimacja, detoksykacja, izolacja, unieruchomienie, terapia przeciwpadaczkowa, leczenie chirurgiczne itp.).
Przeciwwskazaniem do bezpośrednich podejść leczenia osteopatycznego (strukturalnej i wisceralnej osteopatii) są stany nagłe pacjenta (ostry okres udaru mózgu lub rdzenia kręgowego, masywne krwotoki, stan padaczkowy, ostry zawał mięśnia sercowego, ostre urazy czaszki, kręgosłupa, dużych stawów, politrauma), ostre i podostre zapalne choroby mózgu i rdzenia kręgowego oraz ich błon (zapalenie rdzenia, zapalenie opon mózgowych, zapalenie mózgu), postępujący typ przebiegu nadciśnienia wewnątrzczaszkowego. Przeciwwskazaniem są również złośliwe nowotwory o dowolnej lokalizacji; patologiczna łamliwość kości; ostre ciężkie choroby zakaźne, zapalenie kości i szpiku kręgosłupa, gruźlicze zapalenie kręgów; patologiczna ruchomość w segmencie ruchowym kręgosłupa, okres pooperacyjny po interwencjach chirurgicznych na czaszce i kręgosłupie. Osteopatia czaszkowa lub biodynamika czaszkowo-krzyżowa może być w tym przypadku zastosowana jako jedna z drugorzędnych metod pomocniczych leczenia stanów nagłych.
W przypadku chorób psychicznych i zakaźnych leczenie osteopatyczne jest ograniczone przez reżim, w którym przebywa pacjent.
W wymienionych stanach leczenie osteopatyczne powinno być skorygowane warunkami prowadzenia odpowiedniej choroby zgodnie ze standardami leczenia.